はじめに
国勢調査が公開しているポリゴンは各都道府県それぞれ独立して作成しているからか県境が厳密に接続されていません。
それにより,ズームすると隙間が生じているように見えます。（例として東京都と神奈川県の県境を表示しています）
だから何？
topojsonを用いて頂点数の削減処理を行う際に県境の接続を認識できず、各都道府県が独立して処理されてしまい、県境に隙間が生じてしまいます。Simplifyの処理は内側に補正される傾向があるため、頂点を減らすほど隙間が大きくなります。
対処法
各ポリゴンの頂点となる座標をリスト形式で取得し、隣接する都道府県同士でマッチングする等の方法が考えられます。
Pythonを用いる場合、
geometry.exterior.coordsとすることでポリゴンの頂点座標を取得することができます。
弊社で提供している LLocoの場合、頂点座標から各県境を補正するアルゴリズム（+人海戦術）を用いることで違和感を最低限に抑えるようにしています
ちなみに…
市区町村粒度のポリゴンではこちらの現象は生じません。なぜ…
